PGP ma mnóstwo konfigurowalnych opcji, które mogą być ustawione wedle życzenia w pliku "config.txt", w katalogu określonym przez zmienną PGPPATH. W pliku konfiguracyjnym można również zdefiniować często używane opcje, by nie wpisywać ich za każdym razem w linii komend.
Dla zgodności z lokalnymi zwyczajami plik konfiguracyjny może się nazywać inaczej niż "config.txt". Opcjonalną nazwą pod MS-DOSem jest "pgp.ini", a pod Unixem - ".pgprc".
W pliku konfiguracyjnym można na przykład określić gdzie PGP ma umieszczać pliki tymczasowe, jakiego języka używać i wiele innych parametrów.
Szczegółowy opis wszystkich opcji konfiguracyjnych PGP znajduje się w II części podręcznika.